掠至海岛的三吴士民经上年大败给刘裕和此战后，至此死亡殆尽，仅余数千人。

　　听闻刘牢之自戕，其余北府军出身的将领，深感性命不保，纷纷北逃。

　　一路西行的桓玄等人一直逃到寻阳，得江州刺史郭昶之供给其物资及军队。

　　在刘裕亲冒矢石，领兵死战，并乘风施以火攻的强势攻打下，桓谦最终被其击溃。

　　在刘毅的进攻下溃败，焚毁辎重乘夜挟帝继续西走，一直逃回江陵。

　　之后自己只要坚守不出，对方求战不得，必会自动散走。

　　四月

　　北府军何无忌攻陷湓口，进占寻阳，与刘毅等一直西进，桓玄亦自江陵率军迎击。

　　之前刘裕等人攻入建康后，先是支开了同掌兵权的刘毅、何无忌二人，自己则留在建康，巩固胜利果实。

　　成功将建康控制在了自己手中，并以此控制天下。

　　五月二十三日

　　此时的江陵城在刘裕军的威胁下，已经彻底大乱，军民四处奔走，寻求活命，就连桓玄的命令都没有人遵行了。

　　谁知刘裕在建康城中的内应刘迈对此十分惶恐，后更以为图谋被揭，向桓玄提前报告，致使建康举事失败。

　　可在路上，想起自己的一生，征战沙场数十年，在死人堆里来来回回，如今居然沦落为丧家之犬，越想越觉得悲悯，最后竟然自戕于路途中。

　　此时已经官至使持节、都督扬江徐等九州诸军事、领军将军的刘裕十分高兴，奏报司马遵对追击桓玄的刘毅、何无忌大加封赏。

　　他认为对方自京口到建康后，突然见到己方大军屯聚于此，必然惊愕。

　　不过桓谦坚持，桓玄只得派了顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷迎击。

　　但死于西进的益州刺史毛璩之手，死时身边只有丁仙期、万盖二人为其挡箭而已。

　　三人约定计划在京口、广陵、历阳、建康四地一同举兵。

　　如今桓谦战败，桓玄当即就与一众亲信西走。

　　此时桓玄基本已经完全掌握东晋，凡是反对他的，都已经被其屠杀。

　　但桓玄畏惧刘裕兵锐，不敢出击，打算屯兵覆舟山，以守待攻。

　　两军于峥嵘洲相遇，展开大战。

　　依靠军队掌权后的刘裕，先是诛杀了反对自己的“江左冠族”，然后假称授司马德宗的密诏，尊奉武陵王司马遵为大将军，承制大赦天下。

　　深感孙恩之乱已经平复，刘牢之便多次上书请求回归，但被桓玄拒绝。

　　后挟持废帝司马德宗至江陵，在江陵署置百官，并且大肆督造水军，不足一个月就已有水军二万，楼船和兵器都显得很强盛的样子。

　　南平七年十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝规格的十二旒。

　　其中司马休之、高雅之和刘牢之子刘敬宣，逃往北夏，投奔了北夏河南都督、镇西将军白秩。

　　南平八年

　　二月

　　北府旧将刘裕、何无忌与刘毅等人正式举兵讨伐桓玄。

　　好在刘裕等终也成功夺取了京口和广陵，镇守两地的桓氏宗亲桓修、桓弘皆被几人所杀。

　　接着解除自己平西将军和豫州刺史的官职，将其全部并入相国府。

　　走投无路的他于是北逃至广陵，意图投靠广陵相高雅之。

　　很快，桓玄的首级就被传至建康。

　　稳固了朝政后，刘裕开始着手清缴死灰复燃的桓玄残余势力，其中最重要的，是夺回被桓氏控制的天子司马德宗。

　　就在刘裕马不停歇的率军攻伐桓氏时，北方再次发生剧变。

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